이 정원의 역사는 350여년 전 에도 시대로 거슬러 올라갑니다.
1650년 모토나리 모리의 손자인 히데모토 모리가 카이노 지방의 최고 지위에 오르면서 아자부 히가쿠보(현재 롯폰기 6가)에 저택을 지었습니다. 이때 이 정원이 탄생합니다.
그 후, 겐 로쿠 15 년 (1702 년), 키라 저택 습격 후 아코 로시 오카지마 八十右衛門 등 10 명이 모 집에 맡겨졌다 (호소카와 모리, 마츠다이라 미즈노 네 집에 나눠 예치) . 이듬해 2 월, 모두가이 땅에서 무사의 숙원을 이루었습니다.
훗날 메이지 시대에 육군 장군이 된 마레수케 노기가 1849년 마레츠구 노기의 삼남으로 초푸 구역에 있는 이 사무라이 저택에서 태어났습니다. 마레수케 노기는 이곳 히가쿠보 저택에서 9살까지 어린 시절을 보냈습니다.
1865년 사가미 호타가 히가쿠보 저택을 물려받았습니다.

시대가 바뀌어 1887년, 주오 대학의 설립자이자 변호사, 법학자, 법학박사이기도 한 로쿠이치로 마스지마(1857-1948)가 이 대지를 구입해 '후키엔'이란 이름을 붙였습니다.
1919년 4월 이 정원은 '노기 장군의 생가'로서 사적지 지정을 받았습니다(현재 도쿄 사적지).

1943 년 3 월 「모리 甲斐守 저자 국 "으로 사적 지정 (현 도쿄도 고적)를받습니다. 1952 년 3 월에는 닛카 위스키의 도쿄 공장이 1977 년에는 아사히가 이곳을 받았다. 연못은 닛카 연못 통칭되어있었습니다.

1998년 롯폰기 6가 지구 재개발 조합이 결성되고 2000년 4월 재개발이 시작됐습니다. 2003년 4월 롯폰기 힐스가 오픈하고 이 정원은 모리 정원으로 재탄생했습니다.